Quando il fascio interagisce con il campione, gli elettroni che lo costituiscono possono subire scattering di tipo anelastico con i nuclei e con gli elettroni degli elementi costituenti il campione. Nel secondo caso (scattering elettronico) si ha uno scambio di energia dal fascio agli elettroni del campione che vengono emessi come elettroni secondari (se si trovano sufficientemente vicini alla superficie).
Gli elettroni secondari vengono emessi con energie tipiche dell'ordine dei 50 eV e provengono dai primi 5 nm del campione.
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